Zebrafinken sind bei günstigen Bedingungen ganzjährig paarungs- und brutbereit. Da diese bei der Haltung durch den Menschen vorliegen, neigen Zebrafinken dazu sich stark zu vermehren. Die Vögel legen dann ständig Eier und brüten, was schnell zu Platzproblemen führen. Zebrafinken bilden lebenslange Partnerschaften, wobei nur des Partners zur Neubindung führt.
Für den Nestbau ist das Männchen zuständig. Dabei bevorzugen Zebrafinken alte Nester, Astgabeln oder kleine Höhlen. Wenn die anderen Bedingungen stimmen, ist den Zebrafinken der Platz für das kugelförmige Nest aber relativ egal. Die Nester haben meistens einen Durchmesser von über 15cm und verfügen über eine seitliche Röhre, welche die Finken zum Anflug nutzen.
Die Weibchen legen vier bis sechs, etwa 15mm lange Eier mit einem Durchmesser von etwa einem Zentimeter. Die Pärchen beginnen sich das Bebrühten etwa 3 Tage nach der Eiablage zu teilen. Bewegung kommt nach etwa 2 Wochen ins Nest, wenn die Jungen schlüpfen. 3 Wochen nach dem Schlüpfen kann man die ersten Versuche der Nestflucht bewundern.
Die erste Mauser der Prachtfinken findet um die 8te Lebenswoche statt. Ihre ganze, farbliche Pracht erreichen junge Zebrafinken nach einem viertel Jahr. Die Geschlechtsreife stellt sich, je nach Geschlecht, zwischen dem dritten und vierten Lebensmonat ein, wobei domestizierte Zebrafinken erst ab dem sechsten Lebensmonat mit ihrem neuen Partner zusammengebracht werden sollten.
