Im Prinzip ist die Bestimmung der Geschlechter bei Zebrafinken sehr einfach, weil der Hahn das ganze Jahr über seine charakteristischen Geschlechtsmerkmale trägt. Zu den wichtigsten Geschlechtsmerkmalen der Vögel zählen die Schnabelfarbe und die Zeichnungen an den Wangen. Hähne haben einen wesentlich dunkleren, roten Schnabel als die Weibchen und haben auf ihrer Wangenzeichnung einen Tränenstrich, der bei Weibchen entweder fehlt oder nur sehr schwach vorhanden ist. Außerdem unterscheiden sich die beiden Geschlechter am Gesang, weil der Hahn singt und balzt, während das Weibchen meist nur piepst.
Bei einigen Farbschlägen sind keine Geschlechtsmerkmale zu finden, oder sie sind nur sehr schwach ausgeprägt, was die Geschlechterbestimmung schwieriger macht.
Bei weißen Zebrafinken beispielsweise sind keinerlei Geschlechts typische Merkmale zu erkennen. Wohingegen diese bei Schecken durch die Zeichnung verdeckt sein können. Bei Schwarzwangen tragen beide Geschlechter einen Tränenstrich, der allerdings beim Weibchen schwächer ausgeprägt ist.
Dennoch ist eine klare Geschlechtsbestimmung hier schwierig. Die Geschlechter der Vögel werden im Allgemeinen durch Zahlen angegeben. Hier bedeutet 1,0 das es sich um ein Männchen handelt und 0,1 das es sich um ein Weibchen handelt und 0,0,1 bedeutet, dass das Geschlecht nicht bekannt ist. Am Beispiel der weißen Zebrafinken lässt sich deutlich zeigen, das es nicht einfach ist das Geschlecht zu bestimmen, wenn keine charakteristischen Merkmale vorliegen.
Zwar ist ein Vogel der singt und balzt ganz klar als Männchen zu identifizieren, jedoch heißt es nicht, das ein Vogel der weder singt noch balzt ein Weibchen ist. Umgekehrt ist ein Vogel der Eier legt leicht als Weibchen zu identifizieren. Legt der Vogel jedoch keine Eier, kann man nicht ausschließen, das es sich um ein Weibchen handelt.
Eine klare Bestimmung des Geschlechtes ist hier also nur möglich, wenn man die Tiere genau beobachtet und aus diesen Beobachtungen dann das Geschlecht resultieren kann. Allerdings können auch lange Beobachtungen manchmal ohne Erfolg bleiben, wenn ein Vogel zum Beispiel über lange Zeit weder balzt, noch Eier legt. Sollte man dennoch unbedingt das Geschlecht erfahren wollen, ist es möglich beim Tierarzt einen DNA-Test durchführen zu lassen.
Dieser liefert zwar ein eindeutiges Ergebnis, allerdings übersteigt er auch die Anschaffungskosten eines Zebrafinken bei weitem. Graue Hähne haben zusätzlich zu den Merkmalen Schnabel und Tränenstrich noch eine rote Wangenzeichnung und ein schwarzes Brustband, das bei den grauen Hennen fehlt.
Außerdem hat ein grauer Hahn im Gegensatz zur gleichfarbigen Henne eine braune Flankenzeichnung mit weißen Punkten. Es kann auch vorkommen, das Zebrafinken, die weder weiß noch Schecken sind, die Zeichnung so schlecht und undeutlich ist, das Hennen Merkmale eines Hahnes wie zum Beispiel das Brustband tragen.
Auch hier ist eine Geschlechtsbestimmung nur anhand der Zeichnung dann nicht möglich und eine Beobachtung oder DNA-Analyse erforderlich. Man hat also beim Zebrafinken einige einfache Möglichkeiten das Geschlecht klar zu erkennen, sofern es sich nicht um eine Form handelt, bei der die Geschlechtsmerkmale nicht deutlich genug oder gar nicht hervortreten.
Allerdings gibt es gerade bei bestimmten Schlägen immer wieder größere Schwierigkeiten in Hinsicht auf die klare Bestimmung des Geschlechts eines Vogels und aufwändige Beobachtung oder kostenintensive Tierarztbesuch machen sich unumgänglich. Meist genügt es jedoch die Vögel kurz in Augenschein zu nehmen und im Zweifelsfall mit einem farbgleichen Vogel, bei dem das Geschlecht bereits bestimmt ist, zu vergleichen, um klar sagen zu können um was es sich handelt.
Sollte dies nicht den gewünschten Erfolg bringen, kann ein unerfahrener Halter auch beim erfahrenen Züchter seines Vertrauens nachfragen. Diesem ist es meist bei weitem leichter möglich eine konkrete Bestimmung des Geschlechts eines Vogels durchzuführen. Insbesondere weil er zur Zucht ja eben dies regelmäßig tun muss.
